Clara Parabricks v4.4.0

4.2.0-1 版本说明

多个软件包已更新至 GATK 4.3。 haplotypecallermutectcaller 已添加对高达 500 个碱基对的读取长度的支持。

多项性能改进。

修复了许多错误。

添加了 markdup,该工具用于定位和标记 BAM 或 SAM 文件中的重复读取,其中重复读取被定义为源自单个 DNA 片段。

deepvariant:

  • 重大性能改进。

collectmultiplemetrics:

  • 支持高达 500 个碱基对的读取长度。

haplotypecaller:

  • 已更新至 GATK 4.3。

  • 支持高达 500 个碱基对的读取长度。

  • 添加了对 --htvc-bam-output 选项的支持。

  • --batch 已弃用。

mutectcaller:

  • 已更新至 GATK 4.3。

  • 支持高达 500 个碱基对的读取长度。

  • 添加了对 --run-partition 选项的支持。

bammetrics

  • 已更新至 GATK 4.3。

bqsr

  • 澄清了错误消息。

跨多个工具的改进

  • 在使用 --gpuwrite 写入 BAM 文件时添加了更多错误检查。

  • 改进了 BWA 比对的性能,特别是对于长度 > 250 个碱基的读取。

  • fq2bam (BWA-MEM + GATK) 和相关管线添加了 GPUDirect Storage (GDS) 支持。

  • --gpuwrite 添加了低内存模式(影响排序)。

  • deepvariant 之前只能处理每个候选位点 32 个备选等位基因;现在可以处理多达 64 个。

  • bamsort Bamsort 可能会在某些坐标排序中失败。

有关更多信息,请参阅 Parabricks 数据表

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