软件概述

NVIDIA Parabricks 是一套用于基因组分析的软件套件。它在基因组学中常见分析任务（包括种系和体细胞分析）的吞吐量时间方面实现了重大改进。Parabricks 软件的核心是其与 GPU 的紧密集成，它可以根据用户需求获取原始数据并进行转换。

Parabricks 已在戴尔、HPE、IBM 和 NVIDIA 服务器上，以及 Amazon Web Services、Google Cloud、Oracle Cloud Infrastructure 和 Microsoft Azure 上进行了测试。

Parabricks 支持以下工具

somatic (体细胞变异调用器)、germline (GATK 种系管线)、pacbio_germline、ont_germline 和 deepvariant_germline 工具实际上是多个常用工具的集合，为了用户方便，每个工具都作为一个单独的命令进行分组。例如，deepvariant_germline 接受 FASTA 和 FASTQ 文件作为输入，并生成 VCF 和 BAM 文件作为输出。在内部，它运行 BWA mem 比对、执行坐标排序、标记重复项，然后运行 DeepVariant。

工具参考页面列出了所有单独的工具。Parabricks WDL/Nextflow 工作流页面讨论了 Parabricks 与 WDL 和 Nextflow 的使用。输出精度和兼容的 CPU 软件版本页面列出了 Parabricks 兼容的开源 CPU 工具。