NVIDIA 文档中心 NVIDIA Clara Clara Parabricks v4.4.0 bamsort

bamsort

排序 BAM 文件。

此工具可以多种方式对 BAM 文件中的 reads 进行排序，包括按基因组中的位置（坐标）或 read 名称（queryname）排序。这实现了与不同下游工具要求的兼容性。

支持五种排序模式

coordinate (Picard 兼容)
coordinate (fgbio 兼容)
queryname (Picard 兼容)
queryname (fgbio 兼容)
template coordinate 排序 (fgbio 兼容)

--sort-order 的允许值如下

coordinate [默认]
queryname
templatecoordinate

--sort-compatibility 的允许值如下

picard [默认]
fgbio

coordinate 和 queryname 排序可以在 picard 或 fgbio 模式下完成。templatecoordinate 只能在 fgbio 模式下完成。

请参阅 bamsort 参考部分，以获取所有可用选项的详细列表。

快速入门

复制
已复制！

            
            # This command assumes all the inputs are in INPUT_DIR and all the outputs go to OUTPUT_DIR.
docker run --rm --gpus all --volume INPUT_DIR:/workdir --volume OUTPUT_DIR:/outputdir \
    --workdir /workdir \
    nvcr.io/nvidia/clara/clara-parabricks:4.4.0-1 \
    pbrun bamsort \
    --ref /workdir/${REFERENCE_FILE} \
    --in-bam /workdir/${INPUT_BAM} \
    --out-bam /outputdir/${OUTPUT_BAM} \
    --sort-order coordinate

兼容的 Picard 命令

以下命令是 Parabricks 上述命令的 Picard 对等命令。此命令的输出将与上述命令的输出相同。

复制
已复制！

            
            $ java -Xmx30g -jar picard.jar SortSam \
    I=<INPUT_DIR>/${INPUT_BAM} \
    O=<OUTPUT_DIR>/${OUTPUT_BAM}

bamsort 参考

排序 BAM 文件。有五种模式：坐标排序（Picard 兼容）、坐标排序（fgbio 兼容）、queryname 排序（Picard 兼容）、queryname 排序（fgbio 兼容）和模板坐标排序（fgbio 兼容）。

输入/输出文件选项

--in-bam IN_BAM

用于排序的 BAM/CRAM 路径。此选项为必填项。（默认值：None）

选项为必填项。

--out-bam OUT_BAM

排序后 BAM/CRAM 文件的路径。（默认值：None）

选项为必填项。

--ref REF

参考文件路径。（默认值：None）

选项为必填项。

Pipeline 选项

--sort-order SORT_ORDER: 要完成的排序类型。可能的值为 {coordinate,queryname,templatecoordinate}。（默认值：coordinate）
--sort-compatibility SORT_COMPATIBILITY: 用于与其他工具兼容的排序比较器兼容性。可能的值为 {picard,fgbio}。TemplateCoordinate 将仅使用 fgbio。（默认值：picard）

性能选项

--num-zip-threads NUM_ZIP_THREADS: 在运行中用于压缩 BAM 文件的 CPU 数量（坐标排序默认为 16，否则为 10）。（默认值：None）
--num-sort-threads NUM_SORT_THREADS: 在运行中用于排序的 CPU 数量（坐标排序默认为 10，否则为 16）。（默认值：None）
--max-records-in-ram MAX_RECORDS_IN_RAM: 当使用 queryname 或模板坐标排序模式时，RAM 中的最大记录数；降低此数字将减少最大内存使用量。（默认值：65000000）
--mem-limit MEM_LIMIT: 排序和后排序期间的内存限制（GB）。默认情况下，限制为系统总内存的一半。（默认值：62）

通用选项

--logfile LOGFILE: 日志文件路径。如果未指定，消息将仅写入标准错误输出。（默认值：None）
--tmp-dir TMP_DIR: 将存储临时文件的目录的完整路径。
--with-petagene-dir WITH_PETAGENE_DIR: PetaGene 安装目录的完整路径。默认情况下，这应已安装在 /opt/petagene。使用此选项还需要通过设置 LD_PRELOAD 环境变量预加载 PetaLink 库。可选设置用于数据和凭据的 PETASUITE_REFPATH 和 PGCLOUD_CREDPATH 环境变量（默认值：None）
--keep-tmp: 完成操作后，不要删除存储临时文件的目录。
--no-seccomp-override: 不要覆盖 docker 的 seccomp 选项（默认值：None）。
--version: 查看兼容的软件版本。

GPU 选项

--num-gpus NUM_GPUS: 运行中要使用的 GPU 数量。将使用 GPU 0..(NUM_GPUS-1)。

上一页 bammetrics

下一页 bqsr