Clara Parabricks v4.4.0

prepon

为 PON 文件生成索引。这是在 mutectcaller 中使用 “--pon” 选项的先决条件。

prepon 要求输入 .vcf.gz 文件的头部包含 Contig 字段,以便在执行开始时进行内存分配。此字段应包含染色体名称和长度

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##contig=<ID=chr1,length=248956422> ##contig=<ID=chr2,length=242193529> ##contig=<ID=chr3,length=198295559> ...

如果您的输入 .vcf.gz 文件不包含这些值,请在运行 prepon 之前运行此命令来更新头部

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$ bcftools reheader --fai YOUR_REFERENCE_FILE.fa.fai INPUT_PON.vcf.gz > UPDATED_PON.vcf.gz

有关所有可用选项的详细列表,请参阅 prepon 参考部分。

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# This command assumes all the inputs are in INPUT_DIR and all the outputs go to OUTPUT_DIR. docker run --rm --gpus all --volume INPUT_DIR:/workdir --volume OUTPUT_DIR:/outputdir \ --workdir /workdir \ nvcr.io/nvidia/clara/clara-parabricks:4.4.0-1 \ pbrun prepon \ --in-pon-file /workdir/${INPUT_PON_VCF}

为 PON 文件构建索引;这是 mutect pon 的先决条件

输入/输出文件选项

--in-pon-file IN_PON_FILE

输入 PON 文件的路径,格式为 vcf.gz,并带有 tabix 索引。(默认值:None)

此选项为必填项。

此工具特有的选项

(无)

常用选项

--logfile LOGFILE

日志文件的路径。如果未指定,消息将仅写入标准错误输出。(默认值:None)

--tmp-dir TMP_DIR

临时文件存储目录的完整路径。

--with-petagene-dir WITH_PETAGENE_DIR

PetaGene 安装目录的完整路径。默认情况下,这应安装在 /opt/petagene。使用此选项还需要通过设置 LD_PRELOAD 环境变量预加载 PetaLink 库。可以选择设置用于数据和凭据的 PETASUITE_REFPATH 和 PGCLOUD_CREDPATH 环境变量(默认值:None)

--keep-tmp

完成时不要删除存储临时文件的目录。

--no-seccomp-override

不要覆盖 docker 的 seccomp 选项(默认值:None)。

--version

查看兼容的软件版本。

GPU 选项

--num-gpus NUM_GPUS

运行中使用的 GPU 数量。将使用 GPU 0..(NUM_GPUS-1)。

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© 版权所有 2025,Nvidia。 上次更新于 2025 年 1 月 13 日。