germline (GATK Germline Pipeline)

• 比对、坐标排序、标记重复的 BAM 文件

• BQSR 报告

• vcf/g.vcf/g.vcf.gz 格式的变异

运行 Germline 流程以将 FASTQ 转换为 VCF。

--ref REF

参考文件的路径。（默认值：None）

此选项为必选项。

--in-fq [IN_FQ ...]

双端 FASTQ 文件的路径，后跟带引号的可选读取组（示例：“@RG\tID:foo\tLB:lib1\tPL:bar\tSM:sample\tPU:foo”）。文件必须为 fastq 或 fastq.gz 格式。所有输入集都应具有读取组；否则，都不应具有读取组，并且管道将自动添加读取组。此选项可以重复多次。示例 1：--in-fq sampleX_1_1.fastq.gz sampleX_1_2.fastq.gz --in-fq sampleX_2_1.fastq.gz sampleX_2_2.fastq.gz。示例 2：--in-fq sampleX_1_1.fastq.gz sampleX_1_2.fastq.gz "@RG\tID:foo\tLB:lib1\tPL:bar\tSM:sample\tPU:unit1" --in-fq sampleX_2_1.fastq.gz sampleX_2_2.fastq.gz "@RG\tID:foo2\tLB:lib1\tPL:bar\tSM:sample\tPU:unit2"。对于同一示例，读取组应具有相同的样本名称 (SM) 和不同的 ID 和 PU。（默认值：None）

--in-se-fq [IN_SE_FQ ...]

单端 FASTQ 文件的路径，后跟带引号的可选读取组（示例：“@RG\tID:foo\tLB:lib1\tPL:bar\tSM:sample\tPU:foo”）。文件必须为 fastq 或 fastq.gz 格式。所有输入集都应具有读取组，或者都不应具有读取组，并且管道将自动添加读取组。此选项可以重复多次。示例 1：--in-se-fq sampleX_1.fastq.gz --in-se-fq sampleX_2.fastq.gz 。示例 2：--in-se-fq sampleX_1.fastq.gz "@RG\tID:foo\tLB:lib1\tPL:bar\tSM:sample\tPU:unit1" --in-se-fq sampleX_2.fastq.gz "@RG\tID:foo2\tLB:lib1\tPL:bar\tSM:sample\tPU:unit2" 。对于同一示例，读取组应具有相同的样本名称 (SM) 和不同的 ID 和 PU。（默认值：None）

--knownSites KNOWNSITES

已知 indels 文件的路径。文件必须为 vcf.gz 格式。此选项可以多次使用。（默认值：None）

--interval-file INTERVAL_FILE

以下格式之一的 interval 文件的路径：Picard 样式（.interval_list 或 .picard）、GATK 样式（.list 或 .intervals）或 BED 文件 (.bed)。此选项可以多次使用。（默认值：None）

--out-recal-file OUT_RECAL_FILE

基础质量分数重新校准后报告文件的路径。（默认值：None）

--out-bam OUT_BAM

标记重复项后 BAM 文件的路径。（默认值：None）

此选项为必选项。

--htvc-bam-output HTVC_BAM_OUTPUT

应在 HaplotypeCaller 中写入程序集单倍型的文件。如果使用 --run-partition 传递，则将输出多个 BAM 文件。（默认值：None）

--out-variants OUT_VARIANTS

变异调用后 vcf/gvcf/gvcf.gz 文件的路径。（默认值：None）

此选项为必选项。

--out-duplicate-metrics OUT_DUPLICATE_METRICS

标记重复项后重复指标文件的路径。（默认值：None）

--htvc-alleles HTVC_ALLELES

vcf.gz force-call 文件的路径。要强制调用的等位基因集，而无需考虑证据。（默认值：None）

--max-read-length MAX_READ_LENGTH

用于 bwa 和筛选 FASTQ 输入的最大读取长度/大小（即序列长度）（默认值：480）

--min-read-length MIN_READ_LENGTH

用于 bwa 和筛选 FASTQ 输入的最小读取长度/大小（即序列长度）（默认值：1）

-L INTERVAL, --interval INTERVAL

从中调用输入读取的 bqsr 的 Interval。所有 interval 都将具有 100 的填充以获取读取记录，并且重叠的 interval 将被组合。Interval 文件应使用 --interval-file 选项传递。此选项可以多次使用（例如“-L chr1 -L chr2:10000 -L chr3:20000+ -L chr4:10000-20000”）。（默认值：None）

--bwa-options BWA_OPTIONS

将支持的 bwa mem 选项作为字符串传递。当前原始 bwa mem 支持的选项为：-M、-Y、-C、-T、-B、-U、-L 和 -K（例如 --bwa-options="-M -Y"）（默认值：None）

--no-warnings

禁止显示有关系统线程和内存使用情况的警告消息。（默认值：None）

--filter-flag FILTER_FLAG

如果条目的标志满足此条件，则不要在输出中生成 SAM 条目。条件：(flag & filter != 0)（默认值：0）

--skip-multiple-hits

筛选 SA 长度不为 0 的 SAM 条目（默认值：None）

--align-only

在 bwa-mem 之后生成输出 BAM。输出将不会进行坐标排序，也不会标记重复项（默认值：None）

--no-markdups

不执行标记重复项步骤。在排序后返回 BAM。（默认值：None）

--fix-mate

向输出文件添加配对雪茄 (MC) 和配对质量 (MQ) 标签。（默认值：None）

--markdups-assume-sortorder-queryname

假定读取按 queryname 排序以进行标记重复项。这也将标记辅助、补充和未比对的读取为重复项。此标志不会影响变异调用，但会增加处理时间。（默认值：None）

--markdups-picard-version-2182

假定标记重复项与 Picard 版本 2.18.2 类似。（默认值：None）

--monitor-usage

在执行期间监视近似的 CPU 利用率和主机内存使用情况。（默认值：None）

--optical-duplicate-pixel-distance OPTICAL_DUPLICATE_PIXEL_DISTANCE

两个重复簇之间的最大偏移量，以便将其视为光学重复项。如果未传递 --out-duplicate-metrics，则忽略此选项。（默认值：None）

--read-group-sm READ_GROUP_SM

此运行中读取组的 SM 标签。（默认值：None）

--read-group-lb READ_GROUP_LB

此运行中读取组的 LB 标签。（默认值：None）

--read-group-pl READ_GROUP_PL

此运行中读取组的 PL 标签。（默认值：None）

--read-group-id-prefix READ_GROUP_ID_PREFIX

此运行中读取组的 ID 和 PU 标签的前缀。此前缀将用于此运行中的所有 FASTQ 文件对。ID 和 PU 标签将包含此前缀和一个标识符，该标识符对于一对 FASTQ 文件是唯一的。（默认值：None）

-ip INTERVAL_PADDING, --interval-padding INTERVAL_PADDING

要添加到您包含的每个 interval 的填充量（以碱基对为单位）。（默认值：None）

--standalone-bqsr

运行独立的 BQSR。（默认值：None）

--haplotypecaller-options HAPLOTYPECALLER_OPTIONS

将支持的 haplotype caller 选项作为字符串传递。以下是当前支持的原始 haplotypecaller 选项：-A <AS_BaseQualityRankSumTest、AS_FisherStrand、AS_InbreedingCoeff、AS_MappingQualityRankSumTest、AS_QualByDepth、AS_RMSMappingQuality、AS_ReadPosRankSumTest、AS_StrandOddsRatio、BaseQualityRankSumTest、ChromosomeCounts、ClippingRankSumTest、Coverage、DepthPerAlleleBySample、DepthPerSampleHC、ExcessHet、FisherStrand、InbreedingCoeff、MappingQualityRankSumTest、QualByDepth、RMSMappingQuality、ReadPosRankSumTest、ReferenceBases、StrandBiasBySample、StrandOddsRatio、TandemRepeat、AssemblyComplexity>、-AX <与 -A 相同的选项>、--output-mode <EMIT_VARIANTS_ONLY、EMIT_ALL_CONFIDENT_SITES、EMIT_ALL_ACTIVE_SITES>、-max-reads-per-alignment-start <int>、-min-dangling-branch-length <int>、-min-pruning <int>、-pcr-indel-model <NONE、HOSTILE、AGGRESSIVE、CONSERVATIVE>、-standard-min-confidence-threshold-for-calling <int>（例如 --haplotypecaller-options="-min-pruning 4 -standard-min-confidence-threshold-for-calling 30"）。（默认值：None）

--static-quantized-quals STATIC_QUANTIZED_QUALS

使用静态量化质量分数到给定数量的级别。为多个 bin 重复此选项多次。（默认值：None）

--gvcf

以 .gvcf 格式生成变异调用。（默认值：None）

--disable-read-filter DISABLE_READ_FILTER

禁用 BAM 条目的读取过滤器。当前，可以禁用的受支持读取过滤器为 MappingQualityAvailableReadFilter、MappingQualityReadFilter、NotSecondaryAlignmentReadFilter 和 WellformedReadFilter。（默认值：None）

--max-alternate-alleles MAX_ALTERNATE_ALLELES

要进行基因分型的最大备择等位基因数。（默认值：None）

-G ANNOTATION_GROUP, --annotation-group ANNOTATION_GROUP

要添加到输出变异调用的注释组。当前支持的注释组为 StandardAnnotation、StandardHCAnnotation 和 AS_StandardAnnotation。（默认值：None）

-GQB GVCF_GQ_BANDS, --gvcf-gq-bands GVCF_GQ_BANDS

参考置信度 GQ 波段的独占上限。必须在 [1, 100] 范围内，并按递增顺序指定。（默认值：None）

--rna

运行针对 RNA 数据优化的 haplotypecaller。（默认值：None）

--dont-use-soft-clipped-bases

请勿使用 soft clipped 碱基进行变异调用。（默认值：None）

--minimum-mapping-quality MINIMUM_MAPPING_QUALITY

要保留的最小比对质量（含）。（默认值：None）

--mapping-quality-threshold-for-genotyping MAPPING_QUALITY_THRESHOLD_FOR_GENOTYPING

在活动区域检测和程序集步骤之后但在基因分型之前，控制用于从基因分型器中排除由于比对质量不佳的读取的阈值。（默认值：None）

--enable-dynamic-read-disqualification-for-genotyping

将启用不太严格的读取排除低碱基质量读取。（默认值：None）

--min-base-quality-score MIN_BASE_QUALITY_SCORE

考虑用于调用的碱基所需的最小碱基质量。（默认值：None）

--adaptive-pruning

在修剪 De Bruijn 图时使用自适应图修剪算法。（默认值：None）

--force-call-filtered-alleles

强制调用 --alleles 指定的资源中包含的已筛选等位基因。（默认值：None）

--filter-reads-too-long

忽略大小 > 500bp 的所有输入 BAM 读取（默认值：None）

--no-alt-contigs

去除备择 contig 的输出记录。（默认值：None）

--ploidy PLOIDY

BAM 文件假定的倍性。当前仅支持单倍体（倍性 1）和二倍体（倍性 2）。（默认值：2）

--sample-sex SAMPLE_SEX

样本输入的性别。此选项将覆盖从任何 X/Y 读取比率范围确定的性别。必须为男性或女性。（默认值：None）

--range-male RANGE_MALE

X/Y 读取比率的内含男性范围。如果实际比率落在指定范围内，则将性别声明为男性。语法为“<min>-<max>”（例如“--range-male 1-10”）。（默认值：None）

--range-female RANGE_FEMALE

X/Y 读取比率的内含女性范围。如果实际比率落在指定范围内，则将性别声明为女性。语法为“<min>-<max>”（例如“--range-female 150-250”）。（默认值：None）

--use-GRCh37-regions

对 GRCh37 参考类型使用假常染色体区域。此标志应与 GRCh37 和 UCSC hg19 参考一起使用。默认情况下，使用 GRCh38 区域。

（默认值：None）

--bwa-nstreams BWA_NSTREAMS

每个 GPU 要使用的流数；注意：更多流会增加设备内存使用量（默认值：4）

--bwa-cpu-thread-pool BWA_CPU_THREAD_POOL

每个 GPU 要专用于 CPU 线程池的线程数（默认值：16）

--num-cpu-threads-per-stage NUM_CPU_THREADS_PER_STAGE

（与上述相同）每个 GPU 要专用于 CPU 线程池的线程数（默认值：None）

--gpuwrite

使用一个 GPU 加速写入最终 BAM/CRAM。（默认值：None）

--gpuwrite-deflate-algo GPUWRITE_DEFLATE_ALGO

选择要与 --gpuwrite 一起使用的 nvCOMP DEFLATE 算法。请注意，这些选项与 CPU DEFLATE 选项不对应。有效选项为 1、2 和 4。选项 1 最快，而选项 2 和 4 的吞吐量逐渐降低，但压缩率更高。当用户未提供输入时（即 None），默认值为 1（默认值：None）

--gpusort

使用 GPU 加速排序和标记。（默认值：None）

--use-gds

使用 GPUDirect Storage (GDS) 来启用直接数据路径，用于 GPU 内存和存储之间的直接内存访问 (DMA) 传输。必须与 --gpuwrite 同时使用。有关如何设置和使用 GPUDirect Storage 的信息，请参阅 Parabricks 文档 > 最佳性能。（默认值：None）

--memory-limit MEMORY_LIMIT

排序和后排序期间以 GB 为单位的系统内存限制。默认情况下，限制为系统总内存的一半。（默认值：62）

--low-memory

使用低内存模式；将降低每个 GPU 的流数（默认值：None）

--htvc-low-memory

在 htvc 中使用低内存模式。（默认值：None）

--num-htvc-threads NUM_HTVC_THREADS

CPU 线程数。（默认值：5）

--run-partition

将整个基因组划分为多个分区，并同时运行多个进程，每个进程在一个分区上运行。（默认值：None）

--gpu-num-per-partition GPU_NUM_PER_PARTITION

每个分区要使用的 GPU 数量。（默认值：None）

--read-from-tmp-dir

运行变异调用程序，从 Aligner 和 sort 生成的 bin 文件中读取。并行运行 postsort。此选项将增加设备内存使用量。（默认值：None）

--logfile LOGFILE

日志文件的路径。如果未指定，消息将仅写入标准错误输出。（默认值：None）

--tmp-dir TMP_DIR

将存储临时文件的目录的完整路径。

--with-petagene-dir WITH_PETAGENE_DIR

PetaGene 安装目录的完整路径。默认情况下，这应已安装在 /opt/petagene 中。使用此选项还需要通过设置 LD_PRELOAD 环境变量来预加载 PetaLink 库。可以选择设置用于数据和凭据的 PETASUITE_REFPATH 和 PGCLOUD_CREDPATH 环境变量（默认值：None）

--keep-tmp

完成时不删除存储临时文件的目录。

--no-seccomp-override

不覆盖 docker 的 seccomp 选项（默认值：None）。

--version

查看兼容的软件版本。

--num-gpus NUM_GPUS

运行要使用的 GPU 数量。将使用 GPU 0..(NUM_GPUS-1)。