postpon - NVIDIA 文档 - NVIDIA 文档

基于 PON 文件注释变异，并修改输入 VCF 文件的 “INFO” 字段。这是在 mutect 中调用 --pon 的后处理步骤。

请参阅 postpon Reference 部分，查看所有可用选项的详细列表。

快速入门

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            # This command assumes all the inputs are in INPUT_DIR and all the outputs go to OUTPUT_DIR.
docker run --rm --gpus all --volume INPUT_DIR:/workdir --volume OUTPUT_DIR:/outputdir \
    --workdir /workdir \
    nvcr.io/nvidia/clara/clara-parabricks:4.4.0-1 \
    pbrun postpon \
    --in-vcf /workdir/${INPUT_VCF} \
    --in-pon-file /workdir/${INPUT_PON_VCF} \
    --out-vcf /outputdir/${OUTPUT_VCF}

postpon 参考

基于 PON 文件注释变异

输入/输出文件选项

--in-vcf IN_VCF

输入 vcf 文件的路径。（默认值：None）

此选项为必填项。

--in-pon-file IN_PON_FILE

输入 PON 文件的路径，格式为 vcf.gz，并带有 tabix 索引。（默认值：None）

此选项为必填项。

--out-vcf OUT_VCF

输出带注释的 VCF 文件。（默认值：None）

此选项为必填项。

此工具的特定选项

（无）

通用选项

--logfile LOGFILE: 日志文件的路径。如果未指定，消息将仅写入标准错误输出。（默认值：None）
--tmp-dir TMP_DIR: 临时文件存储目录的完整路径。
--with-petagene-dir WITH_PETAGENE_DIR: PetaGene 安装目录的完整路径。默认情况下，这应该安装在 /opt/petagene。使用此选项还需要通过设置 LD_PRELOAD 环境变量预加载 PetaLink 库。可以选择设置用于数据和凭据的 PETASUITE_REFPATH 和 PGCLOUD_CREDPATH 环境变量（默认值：None）
--keep-tmp: 完成操作后，不要删除存储临时文件的目录。
--no-seccomp-override: 不要覆盖 docker 的 seccomp 选项（默认值：None）。
--version: 查看兼容的软件版本。

GPU 选项

--num-gpus NUM_GPUS: 运行中使用的 GPU 数量。将使用 GPU 0..(NUM_GPUS-1)。