indexgvcf - NVIDIA 文档

此工具为 g.vcf/g.vcf.gz 文件创建索引。索引文件名通过将 .tbi 附加到被索引的 GVCF 文件的名称来确定，并在与索引文件本身相同的目录中创建。

有关所有可用选项的详细列表，请参阅 indexgvcf 参考部分。

快速入门

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            # This command assumes all the inputs are in INPUT_DIR and all the outputs go to OUTPUT_DIR.
docker run --rm --gpus all --volume INPUT_DIR:/workdir --volume OUTPUT_DIR:/outputdir \
    --workdir /workdir \
    nvcr.io/nvidia/clara/clara-parabricks:4.4.0-1 \
    pbrun indexgvcf \
    --input /workdir/${INPUT_GVCF}

兼容 CPU GATK4 命令

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            $ gatk IndexFeatureFile -I <INPUT_DIR>/${INPUT_GVCF}

indexgvcf 参考

为 GVCF 文件建立索引。

输入/输出文件选项

--input INPUT

要建立索引的 g.vcf/g.vcf.gz 文件的路径。

(默认值：None)

选项为必需。

此工具特有的选项

（无）

通用选项

--logfile LOGFILE: 日志文件的路径。如果未指定，消息将仅写入标准错误输出。（默认值：None）
--tmp-dir TMP_DIR: 将存储临时文件的目录的完整路径。
--with-petagene-dir WITH_PETAGENE_DIR: PetaGene 安装目录的完整路径。默认情况下，这应已安装在 /opt/petagene 中。使用此选项还需要通过设置 LD_PRELOAD 环境变量预加载 PetaLink 库。可以选择设置用于数据和凭据的 PETASUITE_REFPATH 和 PGCLOUD_CREDPATH 环境变量（默认值：None）
--keep-tmp: 完成操作后，不要删除存储临时文件的目录。
--no-seccomp-override: 不要覆盖 docker 的 seccomp 选项（默认值：None）。
--version: 查看兼容的软件版本。