NVIDIA 文档中心 NVIDIA Clara Clara Parabricks v4.4.0 bam2fq

bam2fq

运行 bam2fq 以将 BAM/CRAM 转换为 FASTQ。

此工具取消 BAM 文件的比对，将其从 BAM 格式反转为 FASTQ 格式。如果 BAM 需要通过应用 bam2fq，然后使用新的参考基因组应用 fq2bam (BWA-MEM + GATK) 重新比对到更新或不同的参考基因组，这将非常有用。

对于配对读取，bam2fq 将在第一个读取名称后附加“/1”，在第二个读取名称后附加“/2”。

请参阅 bam2fq 参考部分，详细列出所有可用选项。 |

快速入门

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            # This command assumes all the inputs are in INPUT_DIR and all the outputs go to OUTPUT_DIR.
docker run --rm --gpus all --volume INPUT_DIR:/workdir --volume OUTPUT_DIR:/outputdir \
    --workdir /workdir \
    nvcr.io/nvidia/clara/clara-parabricks:4.4.0-1 \
    pbrun bam2fq \
    --ref /workdir/${REFERENCE_FILE} \
    --in-bam /workdir/${INPUT_BAM} \
    --out-prefix /workdir/${Prefix_for_output_fastq_files}

兼容的基于 CPU 的 BWA-MEM、GATK4 命令

以下命令是上述 Parabricks 命令的 bwa-0.7.15 和 GATK4 对等命令。这些命令的输出将与上述命令的输出相同。有关结果比较，请参阅输出比较页面。

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            $ gatk SamToFastq \
    -I <INPUT_DIR>/${INPUT_BAM} \
    -F <OUTPUT_DIR>/${OUTPUT_FASTQ_1} \
    -F2 <OUTPUT_DIR>/${OUTPUT_FASTQ_2}

bam2fq 参考

运行 bam2fq 以将 BAM/CRAM 转换为 FASTQ。

输入/输出文件选项

--ref REF

参考文件的路径。此参数仅在 CRAM 输入时是必需的。（默认值：None）

--in-bam IN_BAM

要转换为 fastq.gz 的输入 BAM/CRAM 文件的路径。（默认值：None）

选项为必需。

--out-prefix OUT_PREFIX

输出 fastq 文件的前缀文件名。（默认值：None）

选项为必需。

工具选项

--out-suffixF OUT_SUFFIXF: 用于配对读取（在配对中为第一个）的输出后缀。后缀必须以“.gz”结尾。（默认值：_1.fastq.gz）
--out-suffixF2 OUT_SUFFIXF2: 用于配对读取（在配对中为第二个）的输出后缀。后缀必须以“.gz”结尾。（默认值：_2.fastq.gz）
--out-suffixO OUT_SUFFIXO: 用于孤立/不匹配的读取（在配对中为第一个）的输出后缀。后缀必须以“.gz”结尾。如果未提供后缀，这些读取将被忽略。（默认值：None）
--out-suffixO2 OUT_SUFFIXO2: 用于孤立/不匹配的读取（在配对中为第二个）的输出后缀。后缀必须以“.gz”结尾。如果未提供后缀，这些读取将被忽略。（默认值：None）
--out-suffixS OUT_SUFFIXS: 用于单端/未配对读取的输出后缀。后缀必须以“.gz”结尾。如果未提供后缀，这些读取将被忽略。（默认值：None）
--rg-tag RG_TAG: 根据读取组标签将读取拆分为不同的 fastq 文件。必须为 PU 或 ID。（默认值：None）
--remove-qc-failure: 从输出中删除具有抽象 QC 失败的读取。（默认值：None）

性能选项

--num-threads NUM_THREADS: 要运行的线程数。（默认值：8）

常用选项

--logfile LOGFILE: 日志文件的路径。如果未指定，消息将仅写入标准错误输出。（默认值：None）
--tmp-dir TMP_DIR: 将存储临时文件的目录的完整路径。
--with-petagene-dir WITH_PETAGENE_DIR: PetaGene 安装目录的完整路径。默认情况下，这应该安装在 /opt/petagene。使用此选项还需要通过设置 LD_PRELOAD 环境变量预加载 PetaLink 库。可选地设置用于数据和凭据的 PETASUITE_REFPATH 和 PGCLOUD_CREDPATH 环境变量（默认值：None）
--keep-tmp: 完成时不要删除存储临时文件的目录。
--no-seccomp-override: 不要覆盖 docker 的 seccomp 选项（默认值：None）。
--version: 查看兼容的软件版本。

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