prepon - NVIDIA 文档 - NVIDIA 文档

为 PON 文件生成索引。这是在 mutectcaller 中使用 “--pon” 选项的先决条件。

prepon 要求输入 .vcf.gz 文件的头部包含 Contig 字段，以便在执行开始时进行内存分配。此字段应包含染色体名称和长度

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            ##contig=<ID=chr1,length=248956422>
##contig=<ID=chr2,length=242193529>
##contig=<ID=chr3,length=198295559>
...

如果您的输入 .vcf.gz 文件不包含这些值，请在运行 prepon 之前运行此命令来更新头部

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            $ bcftools reheader --fai YOUR_REFERENCE_FILE.fa.fai INPUT_PON.vcf.gz > UPDATED_PON.vcf.gz

有关所有可用选项的详细列表，请参阅 prepon 参考部分。

快速开始

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            # This command assumes all the inputs are in INPUT_DIR and all the outputs go to OUTPUT_DIR.
docker run --rm --gpus all --volume INPUT_DIR:/workdir --volume OUTPUT_DIR:/outputdir \
    --workdir /workdir \
    nvcr.io/nvidia/clara/clara-parabricks:4.4.0-1 \
    pbrun prepon \
    --in-pon-file /workdir/${INPUT_PON_VCF}

prepon 参考

为 PON 文件构建索引；这是 mutect pon 的先决条件

输入/输出文件选项

--in-pon-file IN_PON_FILE

输入 PON 文件的路径，格式为 vcf.gz，并带有 tabix 索引。（默认值：None）

此选项为必填项。

此工具特有的选项

(无)

常用选项

--logfile LOGFILE: 日志文件的路径。如果未指定，消息将仅写入标准错误输出。（默认值：None）
--tmp-dir TMP_DIR: 临时文件存储目录的完整路径。
--with-petagene-dir WITH_PETAGENE_DIR: PetaGene 安装目录的完整路径。默认情况下，这应安装在 /opt/petagene。使用此选项还需要通过设置 LD_PRELOAD 环境变量预加载 PetaLink 库。可以选择设置用于数据和凭据的 PETASUITE_REFPATH 和 PGCLOUD_CREDPATH 环境变量（默认值：None）
--keep-tmp: 完成时不要删除存储临时文件的目录。
--no-seccomp-override: 不要覆盖 docker 的 seccomp 选项（默认值：None）。
--version: 查看兼容的软件版本。

GPU 选项

--num-gpus NUM_GPUS: 运行中使用的 GPU 数量。将使用 GPU 0..(NUM_GPUS-1)。