collectmultiplemetrics - NVIDIA 文档

运行 GATK CollectMultipleMetrics 的 GPU 加速版本。

此工具应用 GATK CollectMultipleMetrics 的加速版本，用于评估 BAM 文件指标，例如比对成功率、质量得分分布、GC 偏差和测序伪影。它作为一个“元指标”工具，可以运行 GATK 中可用指标工具的任意组合，以执行对测序运行执行情况的总体评估。可用的指标工具 (PROGRAM) 可以在下面的参考部分找到。

有关所有可用选项的详细列表，请参阅collectmultiplemetrics 参考部分。

快速入门

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            # This command assumes all the inputs are in INPUT_DIR and all the outputs go to OUTPUT_DIR.
docker run --rm --gpus all --volume INPUT_DIR:/workdir --volume OUTPUT_DIR:/outputdir \
    --workdir /workdir \
    nvcr.io/nvidia/clara/clara-parabricks:4.4.0-1 \
    pbrun collectmultiplemetrics \
    --ref /workdir/${REFERENCE_FILE} \
    --bam /workdir/${INPUT_BAM} \
    --out-qc-metrics-dir /outputdir/${OUTPUT_DIR}\
    --gen-all-metrics

兼容的 GATK4 命令

以下命令是 Parabricks 上述命令的 GATK4 对等命令。此命令的输出将与上述命令的输出相同。

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            $ gatk CollectMultipleMetrics \
--REFERENCE_SEQUENCE <INPUT_DIR>/${REFERENCE_FILE} \
-I <INPUT_DIR>/${INPUT_BAM} \
-O <OUTPUT_DIR>/${OUTPUT_DIR} \
--PROGRAM CollectAlignmentSummaryMetrics \
--PROGRAM CollectInsertSizeMetrics \
--PROGRAM QualityScoreDistribution \
--PROGRAM MeanQualityByCycle \
--PROGRAM CollectBaseDistributionByCycle \
--PROGRAM CollectGcBiasMetrics \
--PROGRAM CollectSequencingArtifactMetrics \
--PROGRAM CollectQualityYieldMetrics

collectmultiplemetrics 参考

在 BAM 文件上运行 collectmultiplemetrics 以生成多个指标类别的文件。

输入/输出文件选项

--ref REF

参考文件的路径。（默认值：None）

此选项为必填项。

--bam BAM

BAM 文件的路径。（默认值：None）

此选项为必填项。

--out-qc-metrics-dir OUT_QC_METRICS_DIR

用于存储每个分析结果的输出目录。

（默认值：None）

此选项为必填项。

工具选项

--gen-all-metrics: 为每个分析生成 QC。（默认值：None）
--gen-alignment: 为比对摘要指标生成 QC。（默认值：None）
--gen-quality-score: 为质量得分分布指标生成 QC。（默认值：None）
--gen-insert-size: 为插入大小指标生成 QC。（默认值：None）
--gen-mean-quality-by-cycle: 为每个周期的平均质量指标生成 QC。（默认值：None）
--gen-base-distribution-by-cycle: 为每个周期的碱基分布指标生成 QC。（默认值：None）
--gen-gc-bias: 用于生成 gc 偏差指标的详细信息和摘要文件的前缀名称。（默认值：None）
--gen-seq-artifact: 为测序伪影指标生成 QC。（默认值：None）
--gen-quality-yield: 为质量产量指标生成 QC。（默认值：None）

性能选项

--bam-decompressor-threads BAM_DECOMPRESSOR_THREADS: BAM 解压缩的线程数。（默认值：3）

常用选项

--logfile LOGFILE: 日志文件的路径。如果未指定，消息将仅写入标准错误输出。（默认值：None）
--tmp-dir TMP_DIR: 将存储临时文件的目录的完整路径。
--with-petagene-dir WITH_PETAGENE_DIR: PetaGene 安装目录的完整路径。默认情况下，这应已安装在 /opt/petagene 中。使用此选项还需要通过设置 LD_PRELOAD 环境变量来预加载 PetaLink 库。可以选择设置用于数据和凭据的 PETASUITE_REFPATH 和 PGCLOUD_CREDPATH 环境变量（默认值：None）
--keep-tmp: 完成操作后，不删除存储临时文件的目录。
--no-seccomp-override: 不覆盖 docker 的 seccomp 选项（默认值：None）。
--version: 查看兼容的软件版本。

GPU 选项

--num-gpus NUM_GPUS: 运行要使用的 GPU 数量。将使用 GPU 0..(NUM_GPUS-1)。