Clara Parabricks v4.4.0
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4.4.0-1 版本说明

亮点

  • 我们引入了一个新工具，giraffe 泛基因组图谱短读比对器。

  • 统一的“多架构” Docker 容器，适用于 Grace Hopper 和 AMD64 架构。

新工具

在 Parabricks 4.4.0 中，我们发布了一个 GPU 加速的 giraffe 工具。Giraffe 是一款基于图谱的短读比对工具，可有效处理人群中的遗传多样性和结构变异。VG Giraffe 最初由加州大学圣克鲁兹分校 (UCSC) Benedict Paten 博士的实验室开发。

改进

工具更新

多架构容器

  • 现在您只需拉取一个容器，而无需为不同的架构拉取不同的容器。pull 命令将确定所需的架构。

BAM 读取器和写入器

  • 支持读取和写入超过 65535 个 CIGAR 操作的 BAM 记录。

haplotypecaller:

  • 在强制调用模式 (--htvc-alleles) 下支持 --run-partition。

rna_fq2bam:

  • 改进了进度指示器和错误日志消息。

  • 在 fq2bam 排序步骤中支持其他参数：--gpusort、--gpuwrite、--gpuwrite-deflate-algo、--use-gds 等。

错误修复

mutectcaller:

  • 修复了当传递 --mutect-bam-output 时，如果 HG 标签值等于 -1 时发生的崩溃。

haplotypecaller:

  • 修复了当传递 --htvc-bam-output 时，如果 HG 标签值等于 -1 时发生的崩溃。

rna_fq2bam:

  • 修复了当传递 --out-sam-unmapped Within_KeepPairs 时，wrapper 中的崩溃。

fq2bam:

  • 修复了在 GPU 加速的 CRAM 写入操作期间 (--gpuwrite)，某些数据集上发生的死锁问题。

minimap2:

  • 修复了在 GPU 加速的 CRAM 写入操作期间 (--gpuwrite)，某些数据集上发生的死锁问题。

  • 修复了导致 fastq 读取器无法处理某些大型读取的问题。

deepsomatic:

  • 修复了在某些极端情况下（例如染色体 MAP2K3_chr17_22578583_22605165）发生的与处理受支持读取相关的崩溃。

更多信息请参阅 Parabricks 数据表。
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© 版权所有 2025，Nvidia。 最后更新于 2025 年 1 月 13 日。
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