Clara Parabricks v4.4.0

4.0.0-1 版本发布说明

Clara Parabricks 4.0.0-1 是一个主要版本,包含许多重大更改。它简化了用户获取和设置软件的方式,并简化了在不同平台上的部署。如果您是 Parabricks 的现有用户,请查看本节以了解主要更改。

使用 NVIDIA Parabricks 无需许可证。容器在下载后即可立即使用。

希望获得企业支持的用户可以购买 NVIDIA AI Enterprise 许可证,该许可证为 Parabricks 和许多其他 NVIDIA 软件产品提供全栈支持。

要咨询有关 Parabricks 的企业支持,请通过 https://www.nvidia.com/en-gb/clara/genomics/  联系 NVIDIA 基因组学团队

从 v4.0.0-1 开始,Clara Parabricks 工具集主要关注那些从 GPU 加速中获益最多的工具。

如果您想访问一个或多个不再可用的工具,请在开发者论坛中联系我们。

Clara Parabricks 容器与 WDL 和 NextFlow 兼容,用于构建自定义工作流程,将 GPU 和 CPU 驱动的任务与不同的计算需求交织在一起,并进行大规模部署。

这些使工作流程能够以良好管理的方式部署在云批处理服务以及本地集群(例如 SLURM)上,从 Parabricks 和第三方容器的组合中提取,并在预定义的节点上运行这些容器。

Workflow_diagram.png

有关运行这些工作流程的更多信息,以及查看可以轻松 Fork/编辑的开源参考工作流程,请访问 Clara Parabricks 工作流程存储库。该存储库包括用于在云端部署基于 GPU 的工具的推荐实例配置,并且可以轻松 Fork/编辑以用于您自己的目的。

  • 更正了 rna_fq2bam 示例代码。--read-files-command zcat 虽然不是必需参数,但对于使用压缩 FASTQ 文件进行正确操作是必需的。

  • 更新了支持的 haplotypecaller 选项列表。

  • 更正了 GATK 示例代码。

  • 修复了当 fastq 文件中存在许多 N 时发生的 fq2bam 错误。

  • 通用 deepvariant 性能改进。

有关更多信息,请参阅 Parabricks 数据表

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