教程
这些教程将引导您完成 NVIDIA Parabricks 的一个简单用例,简要介绍其工作原理。您将从下载一些示例数据开始
一个参考文件 (
Homo_sapiens_assembly38.fasta
) 及其索引一个“已知插入缺失”文件及其索引
两个 FASTQ 文件
相关的索引文件
一个用于 markdup 的 BAM 文件
一个单端 BAM 文件
然后,教程将引导您完成以下步骤
比对 (FASTA + FASTQ ==> BAM)
变异检测 (BAM ==> VCF)
这些教程旨在简单明了,仅涵盖一个特定的用例。您应该能够将命令复制并粘贴到终端窗口中,并获得与所示相同的结果。操作指南涵盖了使用 Parabricks 解决更通用问题的方法。
教程中的步骤