Clara Parabricks v4.4.0

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工具参考

注意

显示的许多默认参数值是在运行时根据可用的 CPU 核心数和 CPU 内存量确定的。

按类别工具

类别	工具
FASTQ/BAM 处理	applybqsr bam2fq bamsort bqsr fq2bam (BWA-MEM + GATK) fq2bam_meth markdup minimap2 (Beta)
变异检出	deepsomatic deepvariant deepvariant_germline germline (GATK Germline Pipeline) haplotypecaller mutectcaller ont_germline pacbio_germline postpon prepon somatic (Somatic Variant Caller)
RNA	rna_fq2bam starfusion
质量控制	bammetrics collectmultiplemetrics
变异处理	dbsnp
GVCF 处理	genotypegvcf indexgvcf

上一个全基因组体细胞小变异检出

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