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常见问题

什么是 NVIDIA Parabricks？
Parabricks 是一个用于加速 DNA 和 RNA 分析的软件工具。
名称从何而来？
我们开始构建可以用来加速计算的小组件，就像您使用砖块建造房屋一样。这些“砖块”发展成更大的组件，最终变成了 Parabricks。
我需要什么硬件和软件？
对于硬件，至少需要一个受支持的 GPU。您需要的内存量取决于您拥有的 CPU 核心数。有关更多详细信息，请参阅硬件要求。

对于软件，Parabricks 以 Docker 容器的形式提供，因此您需要 nvidia-docker2 和支持它的操作系统。您还需要 NVIDIA 驱动程序，版本 525.60.13 或更高版本。有关更多详细信息，请参阅软件要求。

就这些 - 因为 Parabricks 以 Docker 容器的形式提供，所以不需要额外的软件安装。
如果我丢失 SSH 连接，如何确保我的 Parabricks 分析不会终止？
这仅在您在远程计算机（例如 AWS 实例）上运行时才是一个问题。它并非 Parabricks 特有的；它可能发生在远程计算机上运行的任何程序上。

一个简单的选择是在您的命令前加上 nohup
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$ nohup docker run ...options... pbrun <Your Command> &
这将以忽略所有“挂断”信号（即 SSH 连接丢失）的方式在后台运行您的命令，并将所有输出保存到名为 nohup.out 的文件中。

另一种选择是使用支持持久会话的程序，例如 screen 或 tmux。
当使用 Singularity 容器化初始化系统时，Parabricks 不会运行；Singularity 不会加载所有 nvidia 模块。
如果您看到初始化错误，请执行此操作
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$ nvidia-modprobe -u -c=0
这仅在 v4.0 之前的 Parabricks 版本中才是一个问题。
我可以在我的显卡上使用 Parabricks 吗？
这取决于您的显卡。Parabricks 至少需要 16 GB 的 GPU 内存（对于 fq2bam 为 38 GB，除非您使用 --low-memory 选项），并且在“数据中心”GPU 上运行。有关更多详细信息，请参阅硬件要求。

用户论坛

我们随时为您提供帮助！如果您在使用该软件时遇到问题，请在我们的开发者论坛上联系我们。

注意

用户指南和参考手册可以在 NVIDIA Parabricks 文档页面上找到。
许多其他常见问题的答案可以在开发者论坛上找到。