starfusion - NVIDIA 文档

识别候选融合转录本。

此工具为 RNA-Seq 样本执行融合调用，利用 STAR-Fusion 算法。这需要输入基因组资源库，与原始 STAR-Fusion 工具一致，并输出候选融合转录本。

请参阅 starfusion 参考部分，了解所有可用选项的详细列表。

快速入门

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            # This command assumes all the inputs are in INPUT_DIR and all the outputs go to OUTPUT_DIR.
docker run --rm --gpus all --volume INPUT_DIR:/workdir --volume OUTPUT_DIR:/outputdir \
    --workdir /workdir \
    nvcr.io/nvidia/clara/clara-parabricks:4.4.0-1 \
    pbrun starfusion \
    --chimeric-junction /workdir/${CHIMERIC_JUNCTION_INPUT} \
    --genome-lib-dir /workdir/${PATH_TO_GENOME_LIBRARY}/ \
    --output-dir /outputdir/${PATH_TO_OUTPUT_DIRECTORY}/

兼容 CPU 命令

以下命令是上述 Parabricks 命令的 CPU 对等命令。此命令的输出将与上述命令的输出相同。

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            $ ./STAR-Fusion \
    --chimeric_junction <INPUT_DIR>/${CHIMERIC_JUNCTION_INPUT} \
    --genome_lib_dir <INPUT_DIR>/${PATH_TO_GENOME_LIBRARY} \
    --output_dir <OUTPUT_DIR>/${PATH_TO_OUTPUT_DIRECTORY}

starfusion 参考

识别 Illumina reads 支持的候选融合转录本。

输入/输出文件选项

--chimeric-junction CHIMERIC_JUNCTION

STAR 生成的 Chimeric.out.junction 文件的路径。（默认：None）

选项为必填项。

--genome-lib-dir GENOME_LIB_DIR

基因组资源库目录的路径。有关更多信息，请访问 https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/wiki/installing-star-fusion#data-resources-required。（默认：None）

选项为必填项。

--output-dir OUTPUT_DIR

将包含所有生成文件的目录的路径。（默认：None）

选项为必填项。

工具选项

--out-prefix OUT_PREFIX: 输出数据的文件名前缀。（默认：None）

性能选项

--num-threads NUM_THREADS: worker 的线程数。（默认：4）

常用选项

--logfile LOGFILE: 日志文件的路径。如果未指定，消息将仅写入标准错误输出。（默认：None）
--tmp-dir TMP_DIR: 将存储临时文件的目录的完整路径。
--with-petagene-dir WITH_PETAGENE_DIR: PetaGene 安装目录的完整路径。默认情况下，这应安装在 /opt/petagene。使用此选项还需要通过设置 LD_PRELOAD 环境变量预加载 PetaLink 库。可以选择设置用于数据和凭据的 PETASUITE_REFPATH 和 PGCLOUD_CREDPATH 环境变量（默认：None）
--keep-tmp: 完成时不删除存储临时文件的目录。
--no-seccomp-override: 不覆盖 docker 的 seccomp 选项（默认：None）。
--version: 查看兼容的软件版本。