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访问和启动

BioNeMo 框架可以免费使用且易于访问。访问该软件的首选方法是通过 BioNeMo Docker 容器，它提供了一种无缝且轻松的方式来开发和执行代码。通过使用 Docker 容器，您可以绕过处理依赖项的复杂性，确保您的项目拥有一致且可重现的环境。

在本文档的这一节中，我们将引导您完成拉取 BioNeMo Docker 容器和设置本地开发环境的过程。通过遵循这些步骤，您将能够快速开始使用 BioNeMo 框架，并开始探索其特性和功能。

访问 BioNeMo 框架

Brev.Dev 访问

BioNeMo 框架容器可以在 brev.dev 启动器中运行： 点击此处部署。。将此笔记本部署为启动器大约需要 10 分钟。在撰写本文时，我们正在开发免费层，因此可能需要信用卡。您可以联系您的 NVIDIA 代表以获取额度。启动实例后，在 Jupyter Lab UI 中启动终端会话。（注意：此链接指向每晚版本，可能与这些文档不同步。）

NGC 帐户和 API 密钥配置

访问 BioNeMo 框架容器的另一个选择是使用免费的 NVIDIA GPU Cloud (NGC) 帐户和链接到该帐户的 API 密钥。

NGC 是一个企业服务、软件以及对人工智能和高性能计算 (HPC) 工作负载支持的门户。BioNeMo Docker 容器托管在 NGC 容器注册表中。要从此注册表中拉取和运行容器，您需要使用以下步骤创建免费的 NGC 帐户和 API 密钥

  1. 在 NGC 上创建一个免费帐户并登录。
  2. 在右上角，单击用户 > 设置 > 生成 API 密钥，然后单击+ 生成 API 密钥和确认。复制您的 API 密钥并将其存储在安全位置。

您现在可以在 NGC 目录中的此直接链接中或通过在 NGC 目录中搜索“BioNeMo Framework”来查看 BioNeMo 框架容器。随意探索目录中可供您使用的其他资源。

NGC CLI 配置

NGC 命令行界面 (CLI) 是一种用于管理 NGC 中资源的命令行工具，包括数据集和模型检查点。您可以使用 NGC CLI 网站上的说明在本地计算机上下载 CLI。

安装 NGC CLI 后，在命令行运行 ngc config set 以设置您的 NGC 凭据

  • API 密钥：输入您的 API 密钥
  • CLI 输出：按 Enter 接受默认值（ASCII 格式）
  • org：从提供的列表中选择您首选的组织
  • 团队：从提供的列表中选择已分配给您的团队
  • ace：选择 ACE（如果适用），否则按 Enter 继续

请注意，org 和团队仅在从您或您的团队创建的 NGC 中拉取私有容器/数据集时才相关。要访问 BioNeMo 框架，您可以使用默认值。

启动说明

BioNeMo 与各种计算环境兼容，包括本地工作站、数据中心和云服务提供商 (CSP)，例如 Amazon Web Services、Microsoft Azure、Google Cloud Platform 和 Oracle Cloud Infrastructure 以及 NVIDIA 自己的 DGX Cloud。

在本地机器上运行容器

本节将提供有关在本地工作站上运行 BioNeMo 框架容器的说明。此过程将涉及以下步骤

  1. 登录到 NGC 容器注册表 (nvcr.io)
  2. 从注册表中拉取容器
  3. 在容器内部运行 Jupyter Lab 实例以进行本地开发

从 NGC 拉取 Docker 容器

在您的机器上打开命令提示符并输入以下内容

docker login nvcr.io

此命令将提示您输入 API 密钥。填写如下所示的详细信息。请注意，您应该输入字符串 $oauthtoken 作为您的用户名。将密码 (<YOUR_API_KEY>) 替换为您在上面的 NGC 帐户和 API 密钥配置部分中生成的 API 密钥

Username: $oauthtoken
Password: <YOUR_API_KEY>

您现在可以使用以下命令拉取 BioNeMo 框架容器

docker pull nvcr.io/nvidia/clara/bionemo-framework:2.3

运行 BioNeMo 框架容器

现在您已经拉取了 BioNeMo 框架容器，您可以像运行普通 Docker 容器一样运行它。例如，要获得基本 shell 访问权限，您可以运行以下命令

docker run --rm -it --gpus all \
  nvcr.io/nvidia/clara/bionemo-framework:2.3 \
  /bin/bash

由于 BioNeMo 以 Docker 容器的形式分发，因此可以将标准参数传递给 docker run 命令，以更改容器的行为及其与主机系统的交互。有关这些参数的更多信息，请参阅 Docker 文档。

在下一节 初始化指南中，我们将介绍一些用于常见工作流程的有用 docker run 命令变体。

在任何主要 CSP 上使用 NVIDIA GPU 优化的 VMI 运行

BioNeMo 框架容器通过 NVIDIA GPU 优化虚拟机镜像 (VMI) 在基于云的 GPU 实例上受支持，适用于 AWS、GCP、Azure 和 OCI。NVIDIA VMI 构建于 Ubuntu 之上，并在云基础设施中为运行 NVIDIA GPU 加速软件提供标准化的操作系统环境。这些镜像预配置了软件依赖项，例如 NVIDIA GPU 驱动程序、Docker 和 NVIDIA Container Toolkit。有关 NVIDIA VMI 的更多详细信息，请参见 NGC 目录。

使用 CSP 启动 BioNeMo 框架容器的一般步骤是

  1. 在您首选的 CSP 上启动运行 NVIDIA GPU 优化 VMI 的配备 GPU 的实例。按照您的 CSP 提供的说明启动配备 GPU 的实例。
  2. 使用 SSH 连接到正在运行的实例，并完全按照“访问和启动”页面上的在本地机器上运行容器部分中概述的方式运行 BioNeMo 框架容器。