跳到内容
BioNeMo 框架
bionemo-noodles
正在初始化搜索
NVIDIA/bionemo-framework
首页
用户指南
模型
数据集
API
BioNeMo 框架
NVIDIA/bionemo-framework
首页
用户指南
用户指南
入门指南
入门指南
硬件和软件先决条件
访问和启动
初始化指南
开发
训练模型
背景
背景
NeMo2 并行性
Megatron 数据集注意事项
开发者指南
开发者指南
Bionemo core
Bionemo core
bionemo-core
Bionemo esm2
Bionemo esm2
bionemo-esm2
Bionemo example model
Bionemo example model
bionemo example model 概述
Bionemo fw
Bionemo fw
bionemo-fw
Bionemo geneformer
Bionemo geneformer
bionemo-geneformer
Bionemo geometric
Bionemo geometric
bionemo-geometric
Bionemo llm
Bionemo llm
bionemo-llm
Bionemo moco
Bionemo moco
模块化协同设计 (MoCo) 插值器
Bionemo noodles
Bionemo noodles
bionemo-noodles
Bionemo scdl
Bionemo scdl
BioNemo-SCDL：用于可扩展训练单细胞基础模型的单细胞数据加载。
Bionemo size aware batching
Bionemo size aware batching
bionemo-size-aware-batching
Bionemo testing
Bionemo testing
bionemo-testing
Bionemo webdatamodule
Bionemo webdatamodule
bionemo-webdatamodule
教程
教程
Conftest
Bionemo esm2
Bionemo esm2
ESM-2 微调
ESM-2 推理
使用 ESM-2 的零样本蛋白质设计
ESM-2 预训练
Bionemo geneformer
Bionemo geneformer
Geneformer 细胞类型分类基准
Bionemo moco
Bionemo moco
通过连续插值器构建连续数据生成模型
通过离散插值器构建离散数据生成模型
最优传输采样器教程
Bionemo scdl
Bionemo scdl
示例笔记本
贡献
贡献
贡献
代码审查
编写文档
编写文档
Jupyter Notebook 支持
MkDocs
附录
附录
常见问题解答
发布说明
模型
模型
Geneformer
ESM 2
ESM 2
预训练检查点
数据集
数据集
CELLxGENE
UniProt 数据集
API
API
Bionemo
Bionemo
Core
Core
Api
数据
数据
Api
加载
多周期数据集
排列
重采样器
资源
Model
Model
配置
Utils
Utils
批处理实用程序
数据类型
随机实用程序
Esm2
Esm2
Api
Data
数据
Datamodule
数据集
分词器
分词器
Model
Model
嵌入
模型
Finetune
Finetune
Datamodule
微调回归器
微调令牌分类器
Peft
训练
Run
Run
配置模型
主程序
配方
脚本
脚本
推理 esm2
训练 esm2
Example model
Example model
Lightning
Lightning
Lightning 基础
Training scripts
Training scripts
微调 mnist
预测 mnist
预训练 mnist
Geneformer
Geneformer
Api
Data
数据
预处理
Singlecell
Singlecell
Datamodule
数据集
预处理
实用程序
Model
Model
微调令牌回归器
Run
Run
配置模型
主程序
配方
脚本
脚本
推理 geneformer
训练 geneformer
Tokenizer
分词器
基因分词器
Geometric
Geometric
原子特征器
基础特征器
键特征器
分子特征器
Llm
Llm
Api
Lightning
训练
Data
数据
整理
Datamodule
Label2id 分词器
掩码
类型
Model
Model
配置
层
损失
学习率调度器
Biobert
Biobert
Lightning
模型
测试实用程序
Transformer 规格
Run
Run
配置模型
Utils
Utils
回调
Datamodule 实用程序
Iomixin 实用程序
Logger 实用程序
Megatron 实用程序
远程
权重实用程序
Moco
Moco
Distributions
Distributions
Prior
Prior
分布
Continuous
Continuous
高斯分布
谐波分布
实用程序
Discrete
Discrete
自定义
掩码
均匀分布
Time
Time
Beta 分布
分布
Logit 正态分布
均匀分布
实用程序
Interpolants
Interpolants
基础插值器
批量增强
Continuous time
Continuous time
Continuous
Continuous
连续流匹配
Vdm
Optimal transport
Optimal transport
等变 OT 采样器
Kabsch 增强
OT 采样器
OT 类型
Discrete
Discrete
离散流匹配
Mdlm
Discrete time
Discrete time
实用程序
Continuous
Continuous
Ddpm
Discrete
Discrete
D3pm
Schedules
Schedules
离散噪声计划
推理时间计划
实用程序
Noise
Noise
连续噪声变换
连续信噪比变换
离散噪声计划
Noodles
Noodles
Nvfaidx
Scdl
Scdl
Api
Api
单细胞行数据集
Index
Index
行特征索引
Io
Io
单细胞集合
单细胞内存映射数据集
Scripts
脚本
转换 h5ad 到 scdl
Util
Util
异步工作队列
Torch 数据加载器实用程序
Size aware batching
Size aware batching
采样器
实用程序
Testing
Testing
回调
Lightning
Megatron 数据集兼容性
Megatron 并行状态实用程序
测试回调
Torch
实用程序
Data
数据
Esm2
加载
资源
Harnesses
Harnesses
模式
停止并继续
Webdatamodule
Webdatamodule
Datamodule
实用程序
bionemo-noodles
要安装，请执行以下操作
pip
install
-e
.
要运行单元测试，请执行
pytest
-v
.
回到顶部