配方
GeneformerRecipes
基类:BaseModel
Geneformer 的预制配方。
此 PYDANTIC 模型不用于序列化。仅用于方便 argparse。每个配方应以 args
作为唯一参数。我们使用 partials,以便我们可以在运行时提供此信息。向此模型添加新配方。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 |
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default_adam_optimizer_with_cosine_annealing_recipe()
Geneformer 的默认优化器调度器配置。有关默认值,请参阅 OptimizerSchedulerConfig。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
359 360 361 |
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default_trainer_config_recipe()
Geneformer 的默认训练器配置。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
266 267 268 |
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experiment_config_recipe()
Geneformer 的默认实验配置。在测试中使用。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 |
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finetune_test_recipe(args)
用于在掩码令牌上微调回归头的配方。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 |
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geneformer_106m_experiment_config(result_dir)
Geneformer 106m 的实验配置。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
153 154 155 156 157 158 159 160 |
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geneformer_106m_model_config(seq_length=2048, precision='bf16-mixed', nemo1_init_path=None, initial_ckpt_path=None, biobert_spec_option=BiobertSpecOption.bert_layer_with_transformer_engine_spec)
Geneformer 106m 模型配置设置。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 |
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geneformer_106m_parallel_config()
Geneformer 的基本并行配置。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 |
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geneformer_106m_pretrain_recipe(args)
用于预训练 106m 模型的配方。使用 8 个 GPU 进行数据并行。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 |
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geneformer_106m_wandb_config()
Geneformer 106m 的 Wandb 配置。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 |
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geneformer_10m_experiment_config(result_dir)
Geneformer 10m 的实验配置。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
115 116 117 118 119 120 121 122 |
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geneformer_10m_finetune_config(seq_length=2048, precision='bf16-mixed', nemo1_init_path=None, initial_ckpt_path=None, biobert_spec_option=BiobertSpecOption.bert_layer_with_transformer_engine_spec)
Geneformer 10m 微调配置设置。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 |
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geneformer_10m_finetune_recipe(args)
用于在令牌回归头上微调 10m 模型的配方。用作示例和用于测试。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 |
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geneformer_10m_model_config(seq_length=2048, precision='bf16-mixed', nemo1_init_path=None, initial_ckpt_path=None, biobert_spec_option=BiobertSpecOption.bert_layer_with_transformer_engine_spec)
Geneformer 10m 模型配置设置。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 |
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geneformer_10m_pretrain_recipe(args)
用于预训练 10m 模型的配方。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 |
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geneformer_10m_wandb_config()
Geneformer 10m 的 Wandb 配置。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 |
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geneformer_base_optimizer_scheduler_config()
Geneformer 的基本优化器调度器配置。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
53 54 55 |
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geneformer_base_parallel_config()
Geneformer 的基本并行配置。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 |
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geneformer_base_training_config()
Geneformer 的基本训练配置。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
58 59 60 61 62 |
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geneformer_data_recipe(data_dir)
生成基本 geneformer 小数据配置的配方。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
65 66 67 |
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geneformer_finetuning_regression_head_recipe(precision='bf16-mixed', nemo1_init_path=None, initial_ckpt_path=None, initial_ckpt_skip_keys_with_these_prefixes=None)
用于在掩码令牌上微调回归头的配方。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 |
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geneformer_tiny_config(seq_length=2048, precision='bf16-mixed', nemo1_init_path=None, initial_ckpt_path=None, biobert_spec_option=BiobertSpecOption.bert_layer_with_transformer_engine_spec)
Geneformer 微型模型配置设置,在测试中使用。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 |
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pretrain_tiny_test_recipe(args)
用于预训练微型模型的配方。在测试中使用。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 |
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simple_parallel_recipe(tensor_model_parallel_size=1, pipeline_model_parallel_size=1, num_devices=1, accumulate_grad_batches=1)
Geneformer 的简单并行配置,仅在测试中使用。
源代码位于 bionemo/geneformer/run/recipes.py
222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 |
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