高级用法#

使用 Bash 脚本运行推理#

在此示例中，我们创建一个简单的 bash 脚本，使用两个本地文件作为输入来启动推理，并将生成的姿势转储到 output 文件夹中。

  1. 在同一文件夹中创建一个新的空白文件，将其命名为 diffdock.sh，并将以下内容复制到其中。

#!/bin/bash

# Script: diffdock.sh - Run inference using local files as input
# Usage: ./diffdock.sh [receptor].pdb [ligand].sdf

protein_file=$1
ligand_file=$2

protein_bytes=`grep -E ^ATOM $protein_file | sed -z 's/\n/\\\n/g'`
ligand_bytes=`sed -z 's/\n/\\\n/g' $ligand_file`
ligand_format=`basename $ligand_file | awk -F. '{print $NF}'`

echo "{
   \"ligand\": \"${ligand_bytes}\",
   \"ligand_file_type\": \"${ligand_format}\",
   \"protein\": \"${protein_bytes}\",
   \"num_poses\": 10,
   \"time_divisions\": 20,
   \"steps\": 18,
   \"save_trajectory\": false,
   \"is_staged\": false
}" > diffdock.json

curl --header "Content-Type: application/json" \
   --request POST \
   --data @diffdock.json \
   --output output.json \
   http://127.0.0.1:8000/molecular-docking/diffdock/generate

  1. 使脚本可执行。

chmod +x diffdock.sh

  1. 从 RCSB 数据库下载输入文件并启动推理。

curl -o 8G43.pdb https://files.rcsb.org/download/8G43.pdb
curl -o ZU6.sdf https://files.rcsb.org/ligands/download/ZU6_ideal.sdf
./diffdock.sh 8G43.pdb ZU6.sdf

  1. 使用 入门指南 中创建的 python 脚本转储输出。

python3 dump_output.py
ls output

  1. 输出示例

rank01_confidence_0.57.sdf  rank06_confidence_-0.25.sdf
rank02_confidence_0.57.sdf  rank07_confidence_-0.69.sdf
rank03_confidence_0.55.sdf  rank08_confidence_-1.31.sdf
rank04_confidence_0.41.sdf  rank09_confidence_-1.90.sdf
rank05_confidence_0.38.sdf  rank10_confidence_-2.07.sdf

运行批量对接推理#

DiffDock NIM 允许 批量对接 模式，如果在此请求中提交多分子 SDF 文件，则可以通过单个推理请求将一组配体分子与同一蛋白质受体对接。批量对接模式比运行单独的推理请求效率更高。以下示例说明了使用蛋白质 PDB 文件和从 RSCB 下载的五个分子 SDF 文件进行批量对接。

  1. 准备包含多个配体分子的 SDF 输入文件。创建一个新的空白文件，将其命名为 make-multiligand.sh，并将以下内容复制到其中。

#!/bin/bash

# Script: make-multiligand.sh
# Usage: ./make-multiligand.sh [Ligand1_CCD_ID] [Ligand2_CCD_ID] ...
# Example: ./make-multiligand.sh COM Q4H QPK R4W SIN

ligand_files=""

for lig in $*
do
    ligand_file=${lig}.sdf
    echo "Download ligand file: ${ligand_file}"
    curl -o $ligand_file "https://files.rcsb.org/ligands/download/${lig}_ideal.sdf"
    ligand_files="${ligand_files} ${ligand_file}"
done

# Combine ligand files into a single SDF file
cat $ligand_files > multi_ligands.sdf

  1. 运行以下命令以生成用于输入的 multi_ligands.sdf。

chmod +x make-multiligand.sh
./make-multiligand.sh COM Q4H QPK R4W SIN

  1. 下载蛋白质 PDB 文件并启动推理。

curl -o 7RWO.pdb "https://files.rcsb.org/download/7RWO.pdb"
./diffdock.sh 7RWO.pdb multi_ligands.sdf

  1. 转储结果，以下是输出示例。

python3 dump_output.py
ls output/*

diffdock-output/ligand0:
rank01_confidence_-0.74.sdf  rank05_confidence_-1.15.sdf  rank09_confidence_-1.55.sdf
rank02_confidence_-0.92.sdf  rank06_confidence_-1.25.sdf  rank10_confidence_-1.93.sdf
rank03_confidence_-0.93.sdf  rank07_confidence_-1.46.sdf
rank04_confidence_-1.04.sdf  rank08_confidence_-1.46.sdf

diffdock-output/ligand1:
rank01_confidence_-0.25.sdf  rank05_confidence_-0.55.sdf  rank09_confidence_-0.72.sdf
rank02_confidence_-0.28.sdf  rank06_confidence_-0.55.sdf  rank10_confidence_-0.77.sdf
rank03_confidence_-0.34.sdf  rank07_confidence_-0.56.sdf
rank04_confidence_-0.49.sdf  rank08_confidence_-0.57.sdf

...

使用 SMILES 进行批量对接#

除了配体分子的 SDF 格式外，DiffDock 还支持 SMILES 文本字符串作为输入。DiffDock 使用 RDKit 从 SMILES 信息生成随机分子构象异构体。纯文本文件可以用作配体输入，其中包含多行，每行都是代表分子的 SMILES 公式，以进行批量对接。

  1. 创建一个新的空白文件，将其命名为 ligands.txt，并将以下内容复制到其中。

Cc1cc(F)c(NC(=O)NCCC(C)(C)C)cc1Nc1ccc2ncn(C)c(=O)c2c1F
COc1cccc(NC(=O)c2ccc(C)c(Nc3nc(-c4cccnc4)nc4c3cnn4C)c2)c1
Cc1nn(C)c(C)c1CCOc1cc(F)ccc1-c1ccc2n[nH]c(CN(C)C)c2c1
Cc1c(C(=O)c2cccc3ccccc23)c2cccc3c2n1[C@H](CN1CCOCC1)CO3

  1. 运行以下命令以调用 DiffDock 模型。该脚本生成一个输入 JSON 文件，并在文件 output.json 中以 JSON 格式返回推理结果。

./diffdock.sh 8G43.pdb ligands.txt

  1. 转储结果并检查输出文件夹。

$ python3 dump_output.py
$ ls output/*

diffdock-output/ligand0:
rank01_confidence_-0.98.sdf  rank05_confidence_-1.30.sdf  rank09_confidence_-1.77.sdf
rank02_confidence_-1.00.sdf  rank06_confidence_-1.36.sdf  rank10_confidence_-2.27.sdf
rank03_confidence_-1.03.sdf  rank07_confidence_-1.58.sdf
rank04_confidence_-1.21.sdf  rank08_confidence_-1.61.sdf

diffdock-output/ligand1:
rank01_confidence_-0.15.sdf  rank05_confidence_-1.25.sdf  rank09_confidence_-1.55.sdf
rank02_confidence_-0.54.sdf  rank06_confidence_-1.29.sdf  rank10_confidence_-1.66.sdf
rank03_confidence_-0.91.sdf  rank07_confidence_-1.38.sdf
rank04_confidence_-1.03.sdf  rank08_confidence_-1.39.sdf

...
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